Vanaf 1869 blijft Jacob Bouten aan wal, waarbij hij het toezicht houdt op de bouw van de “KOSMOPOLIET-III” en zelf met enkele vrienden een schip koopt, het fregat “NICOLETTE” waar zijn broer Andreas kapitein op is totdat het schip in 1881 verkocht wordt.
Fregatschip “Nicolette”
Van 1871-1878 is hij boekhouder van het ijzeren schroefstoomschip “Martinus en Henriette” en in 1874 wordt hij gehoord door de enquetecommissie die de oorzaken moest onderzoeken van het in het slop geraken van de Nederlandse koopvaardij. In 1883 wordt hij president van het Dordtse zeemanscollege en in 1885 treedt hij in het bestuur van de Dordrechtse Kamer van Koophandel en Fabrieken, slechts kort voordat hij in 1886 met vrouw en dochters naar Hees bij Nijmegen verhuist.
Jacob Bouten overleed op 14 februari 1894 te Hees, zijn vrouw Marretje vijf jaar later op 12 mei 1899.