In afwachting van zijn militaite dienst volgt Jacob Bouten het stuurmanscollege in Rotterdam en nadat hem blijkt dat hij niet wordt opgeroepen kan hij zomer 1835 weer gaan varen. Eerst een reis als matroos op de HARMONIE bij zijn oom Jacob Strobuur, waarma het schip wordt overgenomen door kapt. Derk Hazewinkel, voor wie Jacob Stuurman wordt. Vanaf zijn volgende reis met de HARMONIE, opnieuw met kapt Gieze de Boer, steekt Jacob Bouten de Atlantische Oceaan over. Na met de HARMONIE naar Suriname (met een kofschip van slechts 182 ton/96 last) is dat met de galjoot JULIANA via de Kaap Verdische eilanden naar Buenos Aires en vervolgens Havanna, waarna een zelfde reis met de bark VIJF GEBROEDERS, beide voor rederij Serruys te Rotterdam.
In 1840 maakt hij als 2e-Stuurman een reis op de bark DECIMA, waar zijn oom Klaas Jan Bolhuis het gezag op voert, naar Batavia en Canton. Jacob’s tweede reis naar Oost-Indie van de in totaal 24 die hij naar Batavia zou varen (waarvan 2 via Kaap Hoorn).
Het gehele verhaal over de reizen van Jacob Bouten van 1835-1841 is onderstaand te lezen.